Le CGLPL rassemble aujourd’hui une équipe d’une trentaine contrôleurs nommés par le Contrôleur général dont près des deux tiers à temps plein et les autres à temps partiel, venus d’horizons professionnels très variés. Chaque contrôleur apporte son expertise et sa connaissance des lieux de privation de liberté dont on estime aujourd’hui le nombre en France entre 5 000 et 6 000 regroupant notamment les prisons, les hôpitaux psychiatriques, les centres et locaux de rétention administrative, les zones d’attente, les centres éducatifs fermés, les locaux de garde à vue, les dépôts des tribunaux... Complète l’institution une équipe composée de dix personnes en particulier chargées de répondre aux courriers de personnes privées de liberté.

La mission du CGLPL est de veiller au respect des droits fondamentaux de ces personnes : droit à la dignité, à la liberté de pensée et de conscience, au maintien des liens familiaux, aux soins, au travail, à la formation... à cette fin, de vérifier, selon la loi, « l’état, l’organisation et le fonctionnement » des lieux de privation de liberté. Le CGLPL effectue donc des visites dans tout lieu de privation de liberté, de manière inopinée ou programmée quelques jours avant l’arrivée dans l’établissement. Le choix d’un établissement est déterminé en fonction d’informations transmises par toute personne ayant connaissance du lieu, les personnels ou les personnes privées de liberté elles-mêmes. Ainsi durant deux semaines sur quatre, quatre à cinq équipes composées chacune de deux à cinq contrôleurs, ou plus selon la taille de l’établissement, se rendent sur le terrain.

Durant ces visites, les contrôleurs ont libre accès à toutes les parties des établissements sans restriction, de jour comme de nuit, et sans être accompagné par un membre du personnel ; ils ont aussi accès à tout document sauf ceux soumis en particulier au secret médical ou au secret professionnel applicable aux relations entre un avocat et son client. Ils s’entretiennent de manière confidentielle avec tout captif ainsi qu’avec les personnels.

À la fin de chaque visite, les contrôleurs rédigent un projet de rapport relatant les faits constatés et transmis au chef de l’établissement visité pour recueillir ses observations dans le respect du principe du contradictoire. Ce rapport, non définitif, tombe sous le coup du secret professionnel auquel sont astreints tous les membres du CGLPL pour les faits, actes ou renseignements dont ils ont connaissance. Une fois en possession des observations du chef d’établissement, les contrôleurs rédigent ensuite un « rapport de visite », version finale des constats assortie de conclusions et de recommandations, qui est envoyé pour observation au(x) ministre(s) concerné(s). Ce rapport de visite est enfin publié sur le site internet du CGLPL après réception des réponses du ou des ministre(s). Parallèlement aux visites, le Contrôleur général peut aussi être saisi par toute personne physique (et toute personne morale qui a pour mission les droits de l’homme) ; les chargés d’enquête traitent au fond les courriers directement envoyés par les personnes privées de liberté ou leurs proches en vérifiant les situations relatées et en menant des investigations, sur place si nécessaire, pour tenter d’apporter une réponse au(x) problème(s) soulevé(s) mais aussi pour identifier d’éventuels dysfonctionnements et, le cas échéant, proposer des recommandations pour prévenir toute nouvelle violation d’un droit fondamental.

Enfin, le Contrôleur général peut décider de publier au Journal officiel de la République française des recommandations spécifiques à un ou plusieurs établissements ainsi que des avis généraux sur une problématique transversale lorsqu’il estime que des faits constatés portent atteinte ou sont susceptibles de porter atteinte à un ou plusieurs droits fondamentaux.